珠海出入境檢驗檢疫局于1999年8月由原珠海進出口商品檢驗局、珠海衛生檢疫局、拱北動植物檢疫局“三檢合一”組建而成，為國家質量監督檢驗檢疫總局的直屬機構(正廳級)，實行由國家質檢總局直接領導的垂直管理體制。